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指南

每篇指南围绕一个具体的建模任务展开，从输入到可运行的模拟输出——这是手册的操作部分。示例画廊收录了其中若干篇的浓缩版，方便快速上手；指南本身则走完整叙述。不熟悉的术语，数据模型教程里有定义。

部分指南用高分子做示例——那是为了展示能力，不是限定范围。链增长、交联、多分散性这些场景刚好覆盖了 MolPy 编辑机制的方方面面；同样的操作手法也适用于任何复杂分子系统。

基础

  • 化学结构解析 — 将 SMILES、SMARTS、BigSMILES、CGSmiles 字符串转换成 Atomistic 结构

链与网络构建

  • 逐步构建 — 显式反应驱动的单体耦合、PolymerBuilder 接口以及高层快捷函数
  • 拓扑驱动组装 — 用 CGSmiles 表达式描述线型、环状和支化架构
  • 交联网络 — 基于模板的网络生成，以及 LAMMPS fix bond/react 前后拓扑的构建
  • 多分散体系 — 分子量分布采样、原子级链构建与盒子填充

参数化

几何与填充

  • 3D 构象生成 — 为解析或构建出的结构嵌入化学上有效的三维坐标
  • 几何优化 — 运行力场驱动的结构最小化并读取优化报告
  • 体系填充 — 通过 Packmol 后端在几何约束下将分子填充进模拟盒子
  • 极化与虚位点模型 — 用虚位点构建器协议实现 Drude 壳层和 TIP4P M 位点

导出与引擎

  • 文件 I/O — 分子数据、轨迹、日志文件与力场格式的读写
  • 模拟引擎 — 为 LAMMPS、CP2K、OpenMM 生成输入文件并直接从 Python 驱动计算

工具与生态

  • AmberTools 集成 — 驱动 antechamber、parmchk2、tleap，完成完整的电解质准备流程
  • Moltemplate CLI — moltemplate .lt 文件与 MolPy 体系之间的双向转换
  • MCP 套件 — 向模型上下文协议（MCP）智能体暴露 MolPy 符号与文档