第三方贡献与许可¶
MolPy 以 BSD 3-Clause 许可证 发布
（Copyright © 2024–2025, Roy Kid）。以下项目中的代码和参考数据是 MolPy 移植或改编的来源。
数值计算内核通过 molrs Rust 后端执行，其归属见
molrs docs/attribution.md；
本页只列出 MolPy Python 层复用的部分。
通过子进程调用或库导入方式使用的外部工具（Packmol、AmberTools、LAMMPS、CP2K、RDKit、OpenBabel 等） 属于运行时依赖，不在本页范围内。
移植/改编 — 宽松许可证¶
| 项目 | SPDX | 版权 | 使用位置 | 上游 |
|---|---|---|---|---|
| foyer | MIT |
© 2015 Vanderbilt University | typifier.graph (SMARTSGraph)、typifier.matcher、typifier.atomistic（OPLS SMARTS 原子类型引擎）；data/forcefield/oplsaa.xml、tip3p.xml |
mosdef-hub/foyer |
| OpenMM | MIT (openmm/app/element.py) |
Stanford University and the Authors | core.element — 元素名称/符号/质量表 |
openmm/openmm |
| moltemplate | MIT |
© 2013 Andrew Jewett, UC Santa Barbara | parser.moltemplate.*、cli.moltemplate — .lt 格式读写器及 ltemplify |
jewettaij/moltemplate |
| tame | BSD-3-Clause |
© Yunqi Shao | compute.mcd、compute.pmsd、compute.time_series、compute.jacf、compute.onsager、compute.persist |
yqshao-archive/tame（已归档） |
tame在pyproject.toml中声明license = "BSD-3-Clause"，未附带独立的LICENSE文件。该项目来自邵云奇（Yunqi Shao），目前已归档。
捆绑的参数数据¶
| 数据文件 | 来源 | 许可证 |
|---|---|---|
data/forcefield/oplsaa.xml、tip3p.xml |
来自 foyer 的 OPLS-AA / TIP3P 力场 XML | MIT（foyer） |
data/forcefield/clp.xml |
CL&P 离子液体力场，来自 paduagroup/clandp（il.ff）的子集 |
学术许可；DOI 10.1021/jp0362133 |
data/forcefield/alpha.ff、clpol_fragments.ff |
paduagroup/clandpol CL&Pol 可极化数据（A. Padua, K. Goloviznina） | 学术许可；DOI 10.1021/acs.jctc.9b00689 |
molrs 后端执行的数值内核¶
RDF、Steinhardt/hexatic/nematic 序参数、radical Voronoi、
结构因子和 PMFT 等分析计算均在 molrs 中完成。molrs 后端移植了
freud（BSD-3-Clause）、voro++（BSD-3-Clause-LBNL）和 RDKit
（BSD-3-Clause，MMFF）。详见
molrs 贡献说明文件。
已实现的规范（引用，非许可）¶
parser/grammar/ 和 parser/smiles/grammars/ 中的文法文件实现的是公开的
符号规范，而非其他项目的代码：
| 规范 | 引用来源 | 实现位置 |
|---|---|---|
| OpenSMILES | opensmiles.org 社区规范 | smiles.lark、base.lark |
| Daylight SMILES/SMARTS | Daylight Theory Manual（© Daylight C.I.S. — 专有文档，仅作引用） | smarts.lark |
| BigSMILES | Lin 等，ACS Cent. Sci. 5, 1523 (2019)，DOI 10.1021/acscentsci.9b00476 | bigsmiles.lark |
| G-BigSMILES | generative-BigSMILES 扩展 | gbigsmiles.lark、gbigsmiles_new.lark |
| CGSmiles | Grünewald 等 (2025) | cgsmiles.lark |